Du Ve au XVIIe siècle
Durant le Haut Moyen-Age (5ème-10ème siècle), la Porte de Bourgogne est tiraillée entre les influences alémaniques et franques.
Les troubles du Haut Moyen-Age
Siècles obscurs pour la région, car les écrits sont rares et les traces archéologiques peu explicites durant cette période troublée et anarchique où le pouvoir change rapidement de mains.
Il semble probable que, dès cette époque, des communautés humaines s'enracinent à partir d'habitats anciens sous l'influence de la christianisation. Le peuplement paraît plus important au sud du Territoire actuel.
1226 : première mention officielle de Belfort
Au 13ème siècle, les comtes de Montbéliard et ceux de Ferrette, héritiers de Louis de Mousson, se partagent la porte de Bourgogne et sont en lutte continuelle.
En 1226, le Traité de paix de Grandvillars les rapproche, c'est aussi la première mention de Belfort dans un document officiel.
Belfort sous domination autrichienne
Par le biais de mariages et d'héritages, la région de Belfort échoit en 1302 à Renaud de Bourgogne puis à sa fille Jeanne. Le mariage de Jeannette, fille de Jeanne, avec Albert d'Autriche, fait passer la région de Belfort sous domination autrichienne pour 3 siècles.
Belfort, petite bourgade fortifiée, affranchie depuis 1307, bénéficie des largesses de deux femmes, Jeanne de Montbéliard (morte en 1350) et Catherine de Bourgogne (décédée en 1426) : fondations d'hôpitaux, du chapitre, pavage des rues…
La région subit aussi des ravages lors de passage de troupes (guerre de Cent ans, guerre avec la Bourgogne, rebellions diverses, conflits religieux). La population est aussi touchée par des épidémies très meurtrières.
1648 : Traités de Westphalie
A partir de 1617, la contrée connaît des dévastations encore plus graves liées à la guerre de Trente ans ; celle-ci fait disparaître environ la moitié de la population.
En 1636, le comte de la Suze s'empare de Belfort au nom du roi de France ; conquête confirmée par les Traités de Westphalie en 1648.
